Beja belediyesi, Portekiz'in Alentejo bölgesine bağlı Baixo Alentejo altbölgesinin belediyelerinden biridir.
Portekiz'in Avrupa kıtası içinde yer alan 5 bölgesinden Alentejo Bölgesinin (além do Tejo=Tejo Nehri'nin ötesi) 277 metrelik bir tepe üzerinde stratejik konuma sahip bir kent olarak Baltık adasının yerli topluluklarından birisi olan Celticler (Keltler) zamanından varlığı bilinen bir yerleşim yeridir. Kent MÖ 48 yılında yarımadanın bir başka yerli kabilesi olan Lusitanyalılarla barış yapan Jül Sezar tarafından Pax-Julia ismi ile adlandırılmıştır. Kent Lusitanyalılar döneminde bir süreliğine başkentlik de yapmıştır. Özellikle İmparator Augustus'un saltanatı döneminde (MÖ 27-MS 14) kent gelişme kaydetmiştir. Stratejik bir yerde olan kent Vizigotlar bölgeyi ele geçirince Paca adı ile anılmaya başladı ve kente bir piskopos atanmaya başlandı. Saint Aprígio (ölümü 530) ilk Paco piskoposluğunu yapmıştır. Kent 713 yılında Emevilerin saldırısı sonucu fethedilmiştir. 910 senesinde başlayan ardı arkası kesilmeyen taarruzlar sonucu İber yarımadasında bulunan Hristiyan krallıklar tarafından kent tekrar ele geçirildi. 1031 senesinde Kurtuba Halifeliğinin yıkılmasıyla Beja Müslüman emirler tarafından yönetilen bağımsız bir emirlik oldu. 1114'te Emir Sidray ibni Vezir döneminde Algarve bölgesinde Ebul-Kasım Ahmed ibni el-Hüseyin önderliğinde Muridun İsyanını başladı. Bu isyan ancak Sevilya Emirliğinin verdiği destek ile bastırabilmiştir. 1150 senesi içinde emirlik Murabıtlar hakimiyetine girdi. 1162 senesinde ise kent Portekiz Kralı I.Alfonso döneminde Portekizli komutan Fernão Gonçalves tarafından tekrar Hıristayanların eline geçti. Ancak 1175'te kent tekrar Murabıtlar eline geçti. 1234 senesine kadar kent Müslümanların elinde kaldıktan sonra Portekiz Kralı II. Sancho döneminde Portekiz Krallığı hakimiyetine girmiştir.
